اندیشه ایجاد «مرکز تحقیقات راه، مسکن و شهرسازی» در قالب پروژه عمرانی سازمان ملل متحد «UNDP» از سال 1350 شکل گرفت. و تا سال 1352 که مرکز رسماً فعالیت خود را آغاز نمود، وظیفه تحقیق و پژوهش در زمینه ساختمان و مسکن، توسط «دفتر مطالعات و معیارهای ساختمانی» وزارت مسکن و شهرسازی وقت به انجام می‌رسید. که در سال 1350، براساس توافقنامه بین وزارت مسکن و شهرسازی و UNDP این وظیفه به مرکز واگذار گردید.

در سال 1352، پس از اتمام علمیات ساختمانی واحد اداری- مالی، آزمایشگاه‌های فیزیک و شیمی مصالح مرکز تحقیقات راه، مسکن و شهرسازی، فعالیت‌های خود را رسماً آغاز نمود.

توسعه پایدار ملی در گرو توسعه همه جانبه کشور می باشد و در این میان حوزه حمل ونقل و حوزه های مرتبط با ساختمان، مسکن و شهرسازی از اهمیت بسزایی برخوردار است از سوی دیگر انجام تحقیقات و پژوهش‌های کاربردی از ضروریات جوامع امروزی به شمار می‌رود و تمامی فعالیت‌های اجرایی و طرح‌های عمرانی مبتنی بر مطالعات و پژوهش‌های هدفمند می باشند.

از این رو و با هدف کاربردی کردن دانش برای رفع نیاز جامعه در حوزه راه، مسکن و شهرسازی و تحقق اهداف برنامه توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی در راستای سند چشم انداز 20 ساله جمهوری اسلامی ایران معاونت تحقیقات و فناوری در مرکز تحقیقات تشکیل گردید.

سیاستگذاری، برنامه‌ریزی و هدایت کلیه امور مربوط به فعالیت‌های پژوهشی و نوآوری برعهده این معاونت می باشد که این وظایف در قالب سه مدیریت وچهار حوزه پژوهشی مشتمل بر 24 گروه پژوهشی به انجام می‌رسد. همچنین با توجه به اهمیت استفاده از نتایج حاصل از پروژه های پژوهشی جهت مقابله با چالش‌ها و نیازهای مطرح در حوزه‌های تخصصی و دستگاه‌های اجرایی کشور، نظام نوآوری و تلاش برای تجاری‌سازی دستاوردهای پژوهش و فناوری، ازجمله فعالیت‌هایی است که اخیراً در جهت اجرای نظام جامع پژوهش و فناوری مرکز شکل گرفته است.

همچنین تهیه و تدوین مقررات ملی ساختمان، آیین‌نامه‌ها، ضوابط و استانداردهای تخصصی مورد نیاز کشور، آموزش‌های تخصصی و ترویج دستاوردها از طریق برگزاری دوره‌ها، سمینارها، کنفرانس‌ها، انتشار نتایج پروژه‌ها درقالب انتشارات مرکز، شرکت در نمایشگاه‌های تخصصی، ایجاد و توسعه بانک‌های اطلاعاتی تخصصی، ارائه برنامه‌های راهبردی در زمینه توسعه شهری و منطقه‌ای، مدیریت دانش، مستندسازی و ارائه بانک‌های اطلاعاتی در حوزه‌های شهر، ساختمان، مسکن و حمل و نقل، خدمات مهندسی، صدور نظریه‌ها و گواهینامه‌های فنی برای محصولات ساختمانی و راه همچنین فناوری‌های نوین از دیگر فعالیت‌های مهم مرکز تحقیقات راه، مسکن و شهرسازی به شمار می‌آیند.